Этот музей - один из старейших на Урале. Ведёт свою историю с первого июля 1909 года, даты основания Кунгурского городского музея. Тогда гласными Кунгурской городской думы было принято решение об основании городского музея в честь прославленного земляка К.Т. Хлебникова.
В основе музейного собрания в то время были два больших пожертвования. Первое - "старинные редкие предметы" из наследства К.Т. Хлебникова. Второе - подарок М.Ф. Летунова, который преподнес к открытию музея собрания этнографии и нумизматики.
В 1918 году музей передали в ведение Отдела народного образования. Появились новые - экспонаты педагогического музея. Во время Гражданской войны сюда эвакуировали лучшие музейные собрания: нумизматика и этнография.
За свою многолетнюю историю музей пережил немало изменений и потрясений. Эвакуацию 1918 года, переезд из здания в здание, закрытие в 1936 году и воссоздание через четыре года.
Неоднократно менялось название музея. В советское время он был известен как научный музей. С 1940 года, почти пятьдесят лет, его знали как Кунгурский краеведческий музей, а затем - Краеведческий музей г. Кунгура.
В 2006 году началась новая веха в музейной истории. Его переименовали в Кунгурский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник. На сегодняшний день в его составе: Музей истории купечества, Краеведческий музей и Художественный музей.
Музейные фонды могут похвастаться свыше 100000 единицами хранения.